این کتاب به منظور بررسی و معرفی مکتب تفسیری صدرالمتالهین فراهم آمده، برای دستیابی به این هدف مباحث آن در شش فصل به شرح ذیل تنظیم شده است:
یک؛ در فصل نخست به بررسی زیستنامه صدرالمتالهین و اندیشه‌های او پرداخته شده و ضمن برشمردن ادوار حیات، اساتید و شاگردان و آثار ملاصدرا، مهمترین نقدهایی که به شخصیت و اندیشه‌های او شده مورد بررسی قرار گرفته است.
دو؛ فصل دوم به معرفی روش تفسیری صدرالمتالهین اختصاص یافته است. در این فصل ضمن ارائه اطلاعات اولیه درباره مجلدات و چاپ‌های تفسیر، منابع صدرالمتالهین در تفسیر و چگونگی طرح مباحث تفسیری؛ اعم از مباحث ادبی، اسباب نزول و قرائات مورد بررسی قرار گرفته است. پاسخ به این شبهه که تفسیر صدرالمتالهین آیا تفسیر، تحمیل یا تطبیق است و دفاع از نظریه تطبیق از مباحث بسیار مهم این فصل است.
سه؛ در فصل سوم شماری از اندیشه‌های قرآن شناخت [= علوم قرآنی مصطلح] صدرالمتالهین نظیر: حقیقت قرآن، ماهیت وحی، ظاهر و باطن انعکاس یافته است.
چهار؛ در فصل چهارم مبانی فهم و تفسیر قرآن از نگاه صدرالمتالهین مورد بررسی قرار گرفته است. مراتب فهم، بررسی نقش روایات در تفسیر، نقش ذوق و مکاشفه در فهم و تفسیر قرآن و ضرورت استناد به ظواهر و مدالیل ظاهری آیات از مباحث اساسی این فصل است که به عنوان مبانی فهم برشمرده شده‌اند.
پنج؛ در فصل پنجم ضمن ارائه مباحثی درباره مفهوم گرایش عرفانی و دیدگاه‌ها در دفاع یا ردّ تفسیر عرفانی و معیارهای تفسیر عرفانی صحیح، ده مورد از تفسیر عرفانی صدرالمتالهین مورد نقد و بررسی قرار گرفته است. در این فصل تبیین شده که بارزترین گرایش در تفسیر صدرالمتالهین گرایش عرفانی است و گرچه تفسیرهای عرفانی او عموماً با نقدهایی روبرو است، امّا به هر روی نمی‌توان آنها را به هدف تحمیل مبانی عرفانی بر قرآن ارزیابی کرد.
شش؛ فصل ششم به بررسی گرایش فلسفی به عنوان دومین گرایش مشهود در تفسیر ملاصدرا اختصاص یافته است. در این فصل ضمن تبیین جایگاه فلسفه و فلاسفه از نگاه صدرالمتالهین، نمونه‌هایی از تفسیر فلسفی او در محورهای خداشناسی و معادشناسی انعکاس یافته است. از مباحث این فصل بدست می‌آید که صدرالمتالهین بیشتر در صدد برقراری همسویی میان قرآن و فلسفه؛ یعنی همان نظریه تطبیق است، هر چند ممکن است در مواردی دچار اشتباه شده باشد. از سویی دیگر، در تمام مباحث کتاب نمونه‌های عینی از تفسیر صدرالمتالهین انعکاس یافته است.