این موسوعه، برایند پژوهشهای قرآنی علامه معرفت در دو حوزۀ نجف و قم است که در ده جلد و با روشی علمی، ابعاد شناخت قرآن و تفسیر را گزارش و تحلیل کرده است. عناوین این ده جلد عبارتاند از:
جلد اول: تبیین ساختار قرآن، وحی و چگونگی نزول، اسباب و شأن نزول و تاریخچۀ گردآوری قرآن.
جلد دوم: بررسی پدیدۀ قرائات، قرائت برگزیده، نسخ قرآنی و ارائۀ نظریاتی نو.
جلد سوم: مفهومشناسی محکم و متشابه، آسیبشناسی تشابه در قرآن و تبیین خردپذیری بسیاری از آیات متشابه؛ مانند آیات تنزیه انبیا.
جلد چهارم تا ششم: تعریف دقیق اعجاز قرآن، مرزبندی آن با صرفه و تقسیمبندی سهگانۀ ابعاد اعجاز ادبی، علمی و تشریعی و ارائۀ تحلیلهایی نو در هر سه حوزه.
جلد هفتم: پاسخ به بسیاری از شبهات پیرامون قرآن کریم؛ به ویژه شبهات معاصر درحوزۀ منبع نزول قرآن، تأثیرپذیری از فرهنگ زمانه، تناقضهای آیات، ناسازگاری با حقایق علمی و قصههای قرآن.
جلد هشتم: رد تحریف قرآن با استناد به دلایل محکم قرآنی، روایی و تاریخی و تبیین دیدگاه شیعه.
جلد نهم و دهم: مفهومشناسی تفسیر و تأویل، تبیین زبان قرآن، بایستههای ترجمۀ قرآن، پیشینۀ تفسیر، مناهج تفسیری و آسیبشناسی هر یک با معرفی تفاسیر مشهور در هر منهج.